l'histoire   
2024 après Jésus-Christ. La Terre a été ravagée par une comète noire et une organisation militaire, la Trader Force, s'est emparée du pouvoir et dicte sa loi au monde entier. À Tokyo, un jeune garçon du nom de Tetsurô Daiba a vu ses parents mourir dans le sinistre et se remet de ses blessures, le médecin lui trouvant des capacités de récupération peu communes. Un soir, il voit tomber comme une étrange étoile filante et décide d'aller y voir de plus près. Au milieu d'un brasier, il découvre Mellow, une étrange extra-terrestre qui lui parle d'un pouvoir qu'il a en lui, mais il ne comprend pas, et s'évanouit.

La Trader Force vient éteindre l'incendie. Les indices de l'incident laissent penser au Général Photon que Mellow est arrivée, et le garçon doit être capturé. À son réveil dans le vaisseau amiral, il s'échappe et tente de filer à bord d'un chasseur. Bien que ne connaissant pas cette technologie, il entend la voix de Mellow qui lui dit d'ouvrir son esprit pour y puiser la connaissance nécessaire. Il ne comprend toujours pas, mais ça marche, et il réussit à s'enfuir. Tetsurô relate les événements au docteur, qui s'avère être en fait un grand professeur qui se cache pour mieux organiser la résistance. Il comprend que le garçon a subi une restructuration de la mémoire de son ADN et qu'il possède un don d'assimilation que la Trader Force voudra à tout prix. Il décide de l'emmener dans leur QG souterrain secret.

La Trader Force adresse un ultimatum : si Tetsurô ne se rend pas, ce qui reste de Tokyo et ses habitants sera détruit. Tetsurô saute dans le chasseur et part les combattre. Malgré la lutte inégale, la victoire est acquise par le tir d'un mystérieux canon depuis le sol, qui abat le vaisseau amiral et l'oblige à amerrir. C'est l'oeuvre de la jeune Yûki Rei, qui a elle aussi un pouvoir d'assimilation similaire à celui de Tetsurô. Mellow leur apparaît et explique qu'avec un troisième camarade mutant, ils sont les prémices d'un nouveau genre humain, qu'elle est venue guider sur ses premiers pas. Tetsurô n'aime pas la façon dont l'étrangère apparaît et disparaît à sa guise et se méfie d'elle.

Le professeur découvre que Tetsurô et Yûki sont les seuls survivants du périmètre autour du cratère laissé par la comète. Ayant décelé une forme de vie dans ce périmètre, il se rend avec eux et son assistante Moriki dans une ancienne base militaire secrète située dans le même périmètre. Ils y trouvent un chat, mais pas de camarade. Mellow réapparaît mais parle encore par énigmes. Elle explique seulement que la comète devait toucher sa planète mais a été déviée. Mellow leur parle de sa mission, qui est de les aider à accomplir leur destin.

Des êtres visqueux, semblables à des nappes de pétrole capturent les deux mutants et les emmènent à bord de leur étrange vaisseau jusqu'aux confins de la Terre, où est située la base secrète de la Trader Force. Ce sont les créatures du manteau. La rusée Photon tente de les convaincre que Mellow est une menteuse dont le peuple a voulu tuer dans l'oeuf l'évolution humaine avec la comète, et que c'est elle qui veut se servir de leurs pouvoirs pour faire renaître la planète. Qui croire ? Sa tentative pour les hypnotiser échoue à cause de la rébellion des créatures du manteau.

Placés dans un étrange salon privé, ils découvrent que c'est en fait un bouclier magnétique qui aspire leur énergie. pour saper leurs pouvoirs, à cause du danger qu'ils représentaient pour les plans de Photon. Mais une voix télépatique les rassure : C'est celle du chat Mî-Kun, troisième survivant de la comète, qui dirige la rébellion des créatures du manteau par son pouvoir, et qui vient les libérer. Photon et ses hommes détruisent les créatures et s'apprêtent à faire de même avec les deux jeunes, mais Mellow, cachée dans le pendentif de Tetsurô, surgit. Photon la neutralise mais le garçon, guidé par ses pouvoirs, la libère et réussit à les faire remonter à bord de l'étrange vaisseau des créatures du manteau.

De retour chez le professeur, Mellow explique enfin que la comète, en frôlant sa planète, a emporté avec elle une matière très rare, l'ADNite, qui a la faculté d'accélérer le processus évolutif d'une espèce, réveillant la mémoire passée, présente, et future dans son ADN. Comme la Terre ne retrouvera pas sa forme ancienne avant des milliers d'années, ils doivent la quitter, comme un enfant quitte ses parents, pour accomplir leur destin. Ils auront Mellow avec eux pour les aider à franchir les obstacles. Ils décollent donc à bord d'un vaisseau que le prof avait construit secrètement comme par intuition, mais des centaines de vaisseaux de la Trader Force tentent de le détruire, car ils risquent de donner naissance à une grande civilisation.

Soudain, surgi de nulle part, un étrange vaisseau arborant le signe des pirates vient à leur secours et renverse l'issue du combat. C'est l'Arcadia du Capitaine Harlock, qui protège les voyageurs, ses frères, les fils perdus de la Terre, qui sont aussi le futur de l'espèce dans lequel il place ses espoirs. Le voyage promet d'être long, mais c'est "le début d'une ère nouvelle que les hommes vivront dans un océan d'étoiles".