Hajime Amamori est un jeune écolier sympathique dont les parents sont décédés mystérieusement dans une explosion de leur domicile. Il part donc vivre à l'observatoire du Mont Tsukuba, dont le directeur est le Professeur Amamori, son oncle.

C'est là qu'il rencontre Yayoi Yukino, qui devient son amie. Il apprend bientôt que Yayoi est en réalité la Reine Millenia, et qu'une guerre impitoyable est sur le point d'être livrée entre leurs deux planètes. Contre toute attente, Hajime devient l'un des acteurs principaux de ce drame. Il subit notamment, grâce à la technologie râmétalienne, de multiples "améliorations" du cerveau, par lesquelles sa connaissance est considérablement augmentée. Tout au long de la série, Hajime conserve une certaine innocence et fait preuve d'une grande force de caractère. A noter qu'en français, Hajime s'appelait Edouard.