Suite à la diffusion télévisée du 3e épisode, scandale ! Un symbole dessiné sur les vaisseaux ennemis ressemble à l'étoile de David... Leiji réclama donc lui-même la déprogrammation de la série afin de faire redessiner plusieurs scènes, ne voulant pas être taxé d'antisémitisme, ce qui aurait été contraire à la vision humaniste et tolérante qu'il a toujours défendue. Le 23 juin, il affirmait : "Lorsque j'ai vu cette étoile de David, mon sang n'a fait qu'un tour, et j'ai eu de la peine pour tous ceux qui croient en une religion. Mon credo est de ne pas insulter tous ceux qui ont une croyance, même à travers une oeuvre. Il est pour moi inconcevable que des personnages que j'ai moi-même créés aillent à l'encontre de mes idéaux".

La diffusion de la série fut donc interrompue. À ce stade, avec l'annulation de la programmation par les chaînes de télé associées au projet, il était question d'en rester là... Seul un DVD devait édité en septembre pour reprendre les 3 épisodes déjà terminés... Mais c'était compter sans les réactions unanimes des fans, anciens et nouveaux, qui s'exprimèrent massivement au Japon pour que la série soit achevée comme il était prévu au départ. Elle devint donc une OAV, toujours en 13 épisodes, correspondant à 13 voyages de l'Arcadia (Atlantis), à paraître au rythme d’un épisode tous les 21 de chaque mois (entre le 21 décembre 2002 et le 21 décembre 2003).

Avant la première diffusion, les rumeurs étaient allées bon train pendant plusieurs mois, car peu d'informations avaient filtré après l'annonce officielle du lancement du projet. Ainsi, on avait cru un moment que la nouvelle série n'était qu'un remake de la première, ce qui n'aurait bien évidemment présenté aucun intérêt, étant même en totale contradiction avec la façon de travailler de Leiji, qui a tellement de nouvelles histoires à raconter autour de ses personnages qu'il ne s'occuperait certainement pas de refaire une oeuvre qui est restée, 25 ans après, un pur chef d'oeuvre. C'était donc un voyage nouveau, ou plutôt 13 nouveaux voyages, qui nous seraient proposés pour l'Arcadia et son équipage...